一份最新的費用比較分析指出，對於美國小型線上商家，Stripe在處理國內信用卡交易方面普遍較PayPal提供更低的處理費用，但在國際交易和退款處理上，兩者費用差異不大，商家應根據自身主要交易類型和顧客支付偏好選擇合適的支付平台。
對於美國小型企業與線上商家而言，選擇合適的金流支付平台是營運成本的關鍵環節。近期針對Stripe與PayPal兩大支付工具的費用比較顯示，Stripe在處理國內信用卡交易方面，通常提供較低的處理費用（processing fees），這項費用是指每次交易平台收取的服務費，但PayPal在特定情境下仍具有其優勢。
根據Quasa發布的分析，Stripe針對美國境內的國內信用卡交易，其標準費率為每筆成功交易收取2.9%加上0.30美元。相較之下，PayPal的費率表顯示，標準信用卡與金融卡支付為2.99%加上0.49美元，而PayPal Checkout的費率則為3.49%加上0.49美元。這項PayPal美國費率表已於2026年7月15日更新。
以實際交易金額為例，若是一筆100美元的國內線上銷售，Stripe會收取3.20美元的費用，商家淨收入為96.80美元。而PayPal的標準信用卡支付則會收取3.48美元，淨收入96.52美元；若使用PayPal Checkout，費用則高達3.98美元，淨收入為96.02美元。對於金額較小的訂單，固定費用（如0.30美元或0.49美元）佔比更高；而對於高額訂單，百分比費率的差異則會導致更大的金額差距。
針對國際交易，費用會更高。Stripe對國際信用卡額外加收1.5個百分點，若需要貨幣轉換，則再加收1%。PayPal同樣對國際商業交易加收1.5個百分點，其貨幣轉換點差則介於3%至4%之間。舉例來說，一筆100美元的國際信用卡支付，若在沒有貨幣轉換的情況下，Stripe收取4.70美元，而PayPal的標準支付和PayPal Checkout則分別收取4.98美元和5.48美元。
值得注意的是，無論是Stripe或PayPal，在退款時，兩者都不會退還原始交易的處理費用。這意味著即使交易最終取消，商家仍需負擔這筆費用。例如，一筆100美元的國內線上銷售若完全退款，Stripe仍會保留3.20美元的處理成本；PayPal的標準支付則保留3.48美元，PayPal Checkout則保留3.98美元。
在結帳流程與整合方面，Stripe提供更多樣的客製化選項，能讓商家更精確地控制結帳頁面，保持品牌一致性，但也增加實施和維護的複雜度。PayPal Checkout則為買家提供一個PayPal品牌的支付路徑，可能會吸引習慣使用PayPal錢包的顧客。若顧客偏好提供多種支付選項，商家可以同時使用Stripe作為主要的信用卡處理商，並將PayPal作為輔助選項。
據NerdWallet於2026年4月3日更新的比較，由於Stripe在國內線上信用卡交易的費率較低且提供深入的結帳控制，因此適合以線上業務為主的商家。而PayPal則因其實體硬體選項和錢包服務，更適合需要提供顧客多樣支付方式的實體店面。